.NET StandardのプロジェクトからPCLのプロジェクトを無理やり参照しようとしたような場合に発生します。
PackageTargetFallbackを指定しているような場合です。
System.~系への参照が、PCLでは明示的にバージョンが指定されているが.NET Standard側では明示的に指定しないから?見たいですが正確には良く分かりません。
良く分かりませんが、NuGetから次のCompatibilityパッケージをインストールすることで対応可能です。
これは過渡的な対応で、.NET Standard 2.0や.NET Core 2.0がリリースされると心配は不要になるようです?